“十一五”期间，南华大学继续实行国防科工委与湖南省共建，以湖南省管理为主的管理体制。

湖南省和国防科工委支持该校整合国防科技学科专业、实验室以及其它国防科技资源设立国防科学技术学院。

国防科工委将按照“同等优先，择优扶持”的原则支持该校国防特色学科专业和实验室建设，并对军工科研立项、课题研究、成果转化、以及公派出国留学等工作给予指导和支持,支持该校在国防科技工业高层次人才培养、科学研究等方面加强与国防科技工业企事业单位、军队、国际原子能机构（IAEA）的联系与合作；继续支持南华大学与委属高校的相互交流与合作。